Η Yamaha είναι ο μόνος κατασκευαστής που έχει επενδύσει στους κινητήρες των WaveRunner περισσότερο από οποιονδήποτε άλλον (βλέπε Kawasaki και Bombardier). Έκανε το ντεμπούτο της στην τετράχρονη εποχή το 2003 με τον MR1 (Marine R1) που βασιζόταν στον επιτυχημένο κινητήρα της φημισμένης Superbike που επιπλέον είχε χρησιμοποιηθεί και σε snowmobile. Στην συνέχεια παρουσίασε τον γνωστό σε όλους τετρακύλινδρο των 1800cc σε εκδόσεις HO, SHO και SVHO. Ο τρίτος κατά σειρά ήταν ο ατμοσφαιρικός τετρακύλινδρος που είχε χρησιμοποιηθεί στη σειρά VX. Πλέον 12 χρόνια μετά παρουσιάζει μία νέα ιδέα τον τρικύλινδρο TR-1. Βέβαια τρικύλινδρο μοτέρ έχει τοποθετήσει η εταιρεία με μεγάλη επιτυχία στις μοτοσικλέτες (βλέπε ΜΤ-09) καθώς και σε ATV.
